Вот уже 25 лет Япония использует ЭМ-препараты для очистки сточных вод. В 1991 году в японской библиотеке города Гушикава (Gushikava, Japan) был установлен прибор с замкнутым циклом обработки сточных вод, при помощи ЭМ-препарата. Система подразумевала, что с применением ЭМ, сточные воды очистятся до высокой степени, что уже через сутки такую воду можно будет использовать в качестве питьевой. После 3-х месяцев эффективного применения ЭМ-препарата, засоренность сточных вод снизилась в 20 раз. За 7-14 дней отсоединенный остаток твердого вещества, после длительного процесса ферментации, преобразовался в качественное органическое удобрение. Испарились неприятные запахи внутри помещения.

После того, как Казахстан перенес столицу в г. Астана, сильно возросло водопотребление и водоотведение. Астана быстротечно подступалась к очистным сооружениям. Не столь приятный аромат иловых площадок, стал непредвиденной проблемой для города. В 2005 году 14 июля было проведено испытание препарата Байкал ЭМ-1, на утилизацию запаха в г. Астана изготовили 120 литров концентрата Байкал ЭМ-1 и обработали готовым рабочим раствором (1:50) иловую площадку №5 (27x100 м2). Через 7 дней запах испарился, осталась пахучесть сопрелой земли, и на вид площадка отличалась от остальных илом более темного цвета. Вторая диагностика препарата Байкал ЭМ-1 была проведена во время ремонта на станции аэрации г. Астаны.

Для прекращения расщепления деревянных подшипников, 5 отстойников наполнили водопроводной чистой водой 25-30 м3, но из-за пребывания на дне ила, – вода в емкостях неожиданно стала цвести. А спустя неделю, поверхность всех отстойников покрылась зеленой пленкой разной плотности, и появился специфичный запах. В июне 2005 года отстойники наполнили препаратом Байкал ЭМ-1: №1 отстойник (1-1,5 литра), №2 отстойник (2-1,0 литра), №3 отстойник (3-0,5 литра), №4 и №5 отстойники приходились контрольными. Спустя неделю проявились результаты. Контрольные отстойники были покрыты плотной пленкой тины, с характерным протухшим запахом воды. В отстойнике пленка разряженная, не плотная, присутствовал слабый запах. В №1 отстойнике вода была слегка прозрачная, отсутствовал запах. В №2 отстойнике отсутствовала как пленка, так и специфический запах, зато вода более мутная, чем в №1, а на самой поверхности курсировали хлопья.

В России г. Николаев, также проводилась диагностика препарата Байкал ЭМ-1 при очистке осадков сточных вод. Партия осадков сточных вод массой 5 кг, была обработана препаратом Байкал ЭМ-1 (1:100). Далее масса была помещена в толстый полиэтиленовый мешок темного цвета, без впуска воздуха для анаэробного компостирования. Контрольная же проба была внедрена в одинаковые условия, но без добавления Байкал ЭМ-1. В течение 10-ти суток обе пробы пребывали в закрытом помещении без света, при 20-22 °С. Результаты анализа в санэпидстанции г. Николаева показали высокий уровень очистки экспериментальной партии осадков сточных вод, без каких-либо патогенных микроорганизмов. Контрольная партия не соответствовала нормам по бактериологическим показателям.

В Саратовской области, на Сторожевском очистном сооружении препарат Байкал ЭМ-1 применяли для очищения сточных вод от катионов Fe(III) и Cu(II). Для эксперимента минимальная концентрация Байкал ЭМ-1 составляла 0,065 мл. Спустя 3-4 часа экспозиции, консистенция железа понизилась на 63,3%, а консистенция меди на 37,4%. Инкубация более суток не меняла концентрацию ионов металлов. Под воздействием Байкал ЭМ-1, уровень железа в сточных водах снизился в 11,2 раза. В итоге, в исследуемой воде меди не оказалось, ионы железа понизились с 1,119 мг/л до 0,001 мг/л.

На Украине в г. Харькове проводили эксперимент по ликвидации зловонных газов, и быстрому разложению фекалий в дачных и общественных туалетах. В максимально заполненную выгребную яму глубиной около 2,5 м, добавили 1,5 литра препарата Байкал ЭМ-1. В течение 1,5 месяца содержимое туалета осело на 35–38 см. Запах почти нейтрализовался.